リメイクでの変更点

新システム

[シーカーストーン]

• ゲームの途中で詰まったときは、シーカーストーンを調べると「道をたずねますか？」と聞かれ、いくつかのヒント映像から当てはまるものを選択して見られる。ゲームオーバー時にもヒント映像が見られる。謎解きに慣れないプレイヤーへの救済措置。
• シーカーストーンは、リンクの家の前と時の神殿にある。
• 64版ではシーカーストーンは無かった。妖精ナビィ、サリアの歌で聞けるヒントや、ケポラ・ゲボラを初めとする登場人物から聞けるヒントは当時からあった。ヒント映像は親切すぎるため、シーカーストーンはできるだけ使わない方が謎解きを楽しめるのでは。

[裏ゼルダ]

• 裏ゼルダは、ハイラル地方が鏡のように反転した世界を冒険できるモード。時のオカリナ3D本編をクリア後にプレイできる。
• 裏ゼルダではダンジョンの謎解きや宝箱の位置が変わり、部屋にいる敵の数と種類が増える。また、敵から受けるダメージは表ゼルダ(通常モード)の2倍。表ゼルダより難易度が高く、全体的に派手な冒険が楽しめる。
• 正式名称は「ゼルダの伝説 時のオカリナ 3D 裏」。裏ゼルダのオリジナルは、ゼルダの伝説風のタクトの予約特典として限定配布されたもの。当時の裏ゼルダと基本的な内容は同じだが、反転世界であることと敵からのダメージ2倍が異なる。

[ボスチャレンジ]

• 大人時代に森の神殿クリア後、コキリの森にある主人公のおうちの寝どこで過去に戦ったボスと再戦できる。ボスを倒して部屋から出るまでのタイムレコードも記録される。
• 詳細はボスチャレンジ参照。

操作

[ジャイロセンサー]

• 3DS内臓のジャイロセンサーでは、リンク視点での見渡しができる。
• 3DS本体を動かして周囲や景色を見渡す。また、パチンコ・ブーメラン・弓矢・フックショットなど飛び道具の狙いを定める。パチンコや弓の狙いをつけるのはスライドパッドで行うより難易度が高いが、臨場感を楽しめる。

[3DS下画面]

• 3DS下画面では、装備の変更・マップの確認・アイテムセットの変更・オカリナ曲の確認ができる。下画面により64版よりも操作性が良くなった。
• 下画面表示システム
  中央下：左から「そうび」「マップ」「アイテム」
  右：アイテムセットボタンX・Y/剣ボタンB
  左：ルピー・小さなカギの個数表示
  左上：カメラボタン
  左下：オカリナボタン(オカリナ演奏)
  右上：アイテムセットボタンⅠ
  右下：アイテムセットボタンⅡ
• ハイラル探索時はハイラル地方全体マップが、ダンジョン探索時はダンジョンマップが「マップ」画面に表示される。64版では迷うたびにダンジョンマップを開く必要があったが、3DSでは下画面にマップを出しておけるのでダンジョンクリアが快適に。
• 各ボタンにセットしたアイテムは、3DSのボタンを押すか下画面タッチで使う。
• 3DSのボタンにセットできるアイテムはXボタン・Yボタンの2個のみだが、下画面タッチボタンⅠ・Ⅱも合わせて合計4個のアイテムをセット可能。Bボタンは剣固定。
• アイテムセットが下画面のタッチ操作でできるので、64版よりも操作が早くすむ。
• 下画面でオカリナの楽譜を見ながら演奏できるようになった。曲を忘れやすい人にはありがたい機能。

[アクション]

• ジャンプの飛距離がリメイク版で伸びた。

冒険

[ダンジョン]

• ６４版：ダンジョン内ではオカリナワープができなかった。
  ３Ｄ版：ガノン城 内部を除くダンジョン内でオカリナワープができる。
• 森の神殿 部屋２５(エレベーターでＢ２に降りた部屋)
  ６４版：Ｂ２からエレベーターに乗ってすぐに飛び降りると、エレベーターがＢ２まで戻ってくる。そのとき真下に立っていると潰されて１Ｆに戻される。
  ３Ｄ版：エレベーターに乗ると降りるまで操作不能になるため、潰されることができなくなった。
• 炎の神殿
  ６４版：初期ＲＯＭのＢＧＭにお経(コーランの一部)が入っていたが、後のＲＯＭからはなくなった。
  ３Ｄ版：ＢＧＭにお経がない。
• 水の神殿 部屋５(１Ｆ南奥の黄金のスタルチュラがいる部屋)
  ６４版：部屋奥の鉄格子後ろにあった銀色スイッチを回転斬りで入れ、鉄格子を制限時間内にくぐる必要があった。
  ３Ｄ版：竜の像後ろにある銀色スイッチを普通に入れる。制限時間もなくなり、難易度が下がった。
• 水の神殿 部屋８(中央の塔)
  ６４版：ヒント映像なし。
  ３Ｄ版：水位を上げると、１Ｆのブロックが浮き上がってできたＢ１への穴が見えるヒント映像が流れる。
• 井戸の底 部屋１５
  ６４版：ナビィのセリフなし。
  ３Ｄ版：まことのメガネを入手後、ナビィが外に出ようと言う。
• 闇の神殿 部屋１４(Ｂ４のまことのメガネで見える針山がある部屋)
  ６４版：針山に触れるだけでダメージを受けた。
  ３Ｄ版：触れるだけではダメージを受けないが、長く触れていると少しずつダメージを受ける。
• 闇の神殿 部屋２０の冥土に渡る船
  ６４版：既に船から降りていても、ナビィが落ちる船から降りるよう警告してきた。
  ３Ｄ版：既に船から降りていると警告しない。
• 盗賊団のアジト 部屋３
  ６４版：ナベに触れるだけでダメージを受けた。
  ３Ｄ版：触れるだけではダメージを受けないが、長く触れていると少しずつダメージを受ける。
• 魂の神殿 部屋８(邪神像がある部屋)
  ６４版：邪神像右手のナビィが反応する場所でカカシの歌を使うと、３Ｆ北西の足場にカカシが出現した？
  ３Ｄ版：邪神像右手でナビィは反応するが何も起こらない。カカシを出現させるには、３Ｆ南西のナビィが反応する場所でカカシの歌を使う必要がある。
• 魂の神殿 部屋３０(床が下がって邪神像の顔前に行ける部屋)
  ６４版：南の鉄格子の向こう側にある銀色スイッチを鉄格子を越して剣で入れると、次の部屋への扉の鉄格子が開いた。
  ３Ｄ版：部屋下段の東にある銀色スイッチを普通に入れると、次の部屋への扉が開く。スイッチの位置が変わって難易度が下がった。
• ガノン城 内部 魂の結界 部屋１９(鉄格子から次の部屋が見える部屋)
  ６４版：北西の鉄格子の向こう側にある銀色スイッチを回転斬りで入れると宝箱が出現した。
  ３Ｄ版：南にある銀色スイッチを普通に入れると宝箱が出現する。スイッチの位置が変わって難易度が下がった。

[街]

• 城下町orハイラル城・子供
  ６４版：マロンと初めて会話時のセリフは「へーっ、森の妖精のコなんダ・・・　アタシ、牧場のコ マロン。」
  ３Ｄ版：上記セリフは「へーっ 森の妖精の子なんダ・・・　アタシ 牧場の子 マロン。」
• 城下町・子供/カカリコ村 風車の後ろ・大人
  ６４版：カップルの動きがただ回っているだけ。
  ３Ｄ版：カップルの男性が、女性を持ち上げたり下ろしたりする動作が追加。
• 墓地・子供
  ６４版：こわそなおめんを売った後のセリフは「穴ほるぞ～」。
  ３Ｄ版：上記セリフは「穴ほるじょ～」。
• ゴロンシティ・大人
  ６４版：炎の神殿クリア前にダルニアの息子と２回話すと、族長の部屋とゴロンのお店の扉が開く。
  ３Ｄ版：１回話すだけで扉が開く。

[フィールド]

• デスマウンテン火口
  ６４版：ゴロンの服以外でデスマウンテン火口に行ったときのナビィのセリフは「ここは すごく あつい！」
  ３Ｄ版：上記セリフは「ここ すごく あつい！」
• ハイリア湖畔
  ６４版：つりぼりの外看板の絵はつりざおの絵。
  ３Ｄ版：外看板の絵が、ルアーに喰いつこうとしてはねる魚の絵に変わった。
• ハイリア湖畔 つりぼり
  ６４版：つりぼり内の看板の内容は「つりぼりでのエチケット」のみ。
  ３Ｄ版：看板の内容が「つりかたの おさらい」「つりぼりでのエチケット」に増えた。
• ゲルド族のシンボルマーク
  ６４版：初期ＲＯＭでは月＋星だったが、後のＲＯＭでは顔みたいな模様。
  ３Ｄ版：顔みたいな模様。
• ガノン城の橋
  ６４版：光の矢入手後に六賢者がかける橋に手すりがなく、橋の端に行くと溶岩に落ちる。
  ３Ｄ版：橋に手すりがあるので溶岩に落ちない。

[アイテム]

• 妖精のパチンコ
  ６４版：弾ホールドがない。
  ３Ｄ版：ゴムの真ん中に弾ホールドがあり、これを目安に狙いやすくなった。
• ムシ再利用
  ６４版：フワっとした土の前であきビンからムシを出し、穴に潜りこむ前に捕まえると再利用できる。
  ３Ｄ版：フワッとした土の前ではムシを捕まえられず再利用できない。
• コジロー
  ６４版：迷いの森に入った時点で鳴いた
  ３Ｄ版：密猟者に渡すまで鳴かない
• 宝箱から入手する矢
  ６４版：矢のタバ
  ３Ｄ版：矢の束
• 落とし穴発見器
  ６４版：もだえ石(６４振動パック対応アイテム)
  ３Ｄ版：ひびき石(３ＤＳは振動しないため、怪しい場所で音が鳴るシステムに変更)

[敵モンスター]

• アイアンナック
  相手の攻撃を子供時代ハイリアの盾で防げなくなった。
• ガノン
  相手の攻撃をハイリアの盾・ミラーシールドで防げなくなった。
  尻尾の弱点範囲が広がり、狙いやすくなった。
• スタルウォール
  ６４版：倒したスタルウォールが地面についてから消えるまでにメガトンハンマーで地面を叩くと、再び倒した音がしてスタルウォールが浮き上がった。メガトンハンマーで地面を叩き続ける限り何度でもスタルウォールが浮き上がり、消えなかった。
  ３Ｄ版：メガトンハンマーで地面を叩いてもスタルウォールが浮き上がらず、通常通り消える。

[バグ]

• デクの棒で特定のものを斬ると折れたデクの棒になることがある。６４版ではバグだったが、３Ｄ版では仕様。
• 盾突き(Ｒを押しながらＢ)のダメージバグがなくなった。
  ６４版：盾突きが直前に出した攻撃の威力になった。子供時代にデクの棒でジャンプ斬りしてから盾突きすると、最高威力の盾突きができた。
  ３Ｄ版：盾突きの威力が突きの威力になり、直前に出した攻撃の威力を引き継がなくなった。
• あきビンバグの方法が変わった。
  ６４版：あきビンにアイテムを詰める直前にアイテム画面を呼び出す。あきビンのボタンに別なアイテムをセットして通常画面に戻ると、別なアイテムがあきビンに変わる。
  ３Ｄ版：あきビン増殖参照。
• ６４版であった密猟者のノコギリバグが、３Ｄ版でなくなった。
  密猟者のノコギリバグ：大人時代のわらしべイベントで密猟者のノコギリを持っていると、子供時代に迷いの森の森のステージにデクナッツが現れない。密猟者のノコギリを手放しても森のステージでまことの仮面イベントが起きず、デクの実所持数＋１０ができない。このバグのため、６４版森のステージでデクの実所持数＋１０をするには、密猟者のノコギリ入手前に行う必要があった。

グラフィック

[主人公]

• 弓の構え方
  ６４版：手の甲側で番える(本来こちらの構え方が正しい)
  ３Ｄ版：手のひら側で番える
• ボンゴボンゴ戦
  ６４版：主人公が跳ねるとき直立姿勢
  ３Ｄ版：跳ねるときに足をバタつかせる

[背景]

• 闇の神殿 部屋３
  ６４版：光る目の絵があった
  ３Ｄ版：光る目の絵ではなく顔全体が光る絵がある
• 闇の神殿 部屋２０
  ６４版：冥土に渡る船で進む水路に背景がなかった
  ３Ｄ版：水路上方に怨霊のような背景が流れていく

[エフェクト]

• 血の表現
  ６４版：初期ＲＯＭではリンクの血やガノンドロフの吐血が赤かったが、後のＲＯＭでは青や緑になった。
  ３Ｄ版：青や緑になっている。